Specjalna strefa ekonomiczna (SSE) jest wydzielonym administracyjnie obszarem, na którym przedsiębiorcy mogą prowadzić działalność gospodarczą na preferencyjnych warunkach. Obecnie w Polsce działa 14 takich stref. Przyciągają one inwestorów zarówno polskich jak i zagranicznych specjalnymi przywilejami w tym np. zwolnieniem od podatku dochodowego czy dostępnością atrakcyjnych gruntów w stanie uzbrojonym z całym zapleczem infrastrukturalnym.

Jednym z takich przywilejów, jakie wiążą się z działalnością w SSE jest także możliwość skorzystania ze zwolnienia z podatku od nieruchomości. Regulacje w tej materii zawiera ustawa z dnia 2 października 2003 r. o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw (Dz. U. 2003 r., Nr 188, poz. 1840 ze zm.), zwana dalej „Ustawą zmieniającą”. Ustawa, w art. 10 ust. 1 stanowi, że zwolnienie z podatku od nieruchomości obejmuje grunty, budowle i budynki, które są zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie strefy (części budynków nie mogą być objęte takim zwolnieniem). Zwolnienie jest ważne w okresie zezwolenia, jakie przedsiębiorca musi uzyskać, aby prowadzić w strefie działalność. Należy zaznaczyć, że zwolnienia te są traktowane jako regionalna pomoc publiczna na wsparcie nowych inwestycji, co stwierdza ustęp drugi tego artykułu.

Jeżeli przedsiębiorca uzyskał wyżej wspomniane zezwolenie przed 1 stycznia 2001 roku, mógł wystąpić z wnioskiem do ministra właściwego do spraw gospodarki o jego zmianę. Polegała ona na tym, że do danego przedsiębiorcy stosowało się przepisy art. 5 Ustawy zmieniającej zamiast starych regulacji zawartych w ustawie z dnia 20 października 1994 roku o specjalnych strefach ekonomicznych.

Artykuł ten brzmi następująco:

1.  Z zastrzeżeniem ust. 6, przedsiębiorca, który posiada zezwolenie uzyskane przed dniem 1 stycznia 2001 r., zachowuje prawo do zwolnień podatkowych określonych w art. 12 ustawy (o specjalnych strefach ekonomicznych), o której mowa w art. 1, w brzmieniu z dnia 31 grudnia 2000 r.:

1) w okresie do dnia 31 grudnia 2011 r. – jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy małym przedsiębiorcą,

2) w okresie do dnia 31 grudnia 2010 r. – jeżeli był on w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy średnim przedsiębiorcą

2. Dochody uzyskane przez przedsiębiorcę innego niż przedsiębiorca, o którym mowa w ust. 1, z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy na podstawie zezwolenia wydanego przed dniem 1 stycznia 2001 r., są zwolnione z podatku dochodowego w zakresie ustalonym w art. 12 ustawy (o specjalnych strefach ekonomicznych)

Wniosek powinien był zostać złożony do 31 grudnia 2007 roku. Powoduje to fakt, iż przepisów znowelizowanych w materii zwolnienia z podatku od nieruchomości nie stosuje się do przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie po 1 stycznia 2001 roku ( w dalszym ciągu działają oni na podstawie przepisów ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych z 1994 roku).

Wysokość zwolnienia określa się według stanu gruntów, budowli i budynków będących podstawą obliczenia podatku za rok 2000 i według stawek podatku obowiązujących w roku 2000 w danej gminie (art. 10 ust. 4 Ustawy zmieniającej). Z kolei wielkość zwolnienia wlicza się do maksymalnej dopuszczalnej pomocy publicznej określonej w artykule 5 ust. 2 (art. 10 ust. 3 Ustawy zmieniającej).

Omawiane zwolnienia z podatku od nieruchomości mogą być także udzielane przedsiębiorcom na podstawie uchwał rad gmin, a w przypadku miast uchwał rad miast, a w przypadku miast uchwał rad miast. Kompetencje w tym obszarze przydziela ustawa z dnia 12 stycznia 1991 roku o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. 1991 r. Nr 9, poz. 31), która stanowi, że rada gminy może, w drodze uchwały wprowadzać „inne zezwolenia przedmiotowe niż określone w ust. 1 oraz w art. 10 ust. 1 ustawy z dnia 2 października 2003 roku o zmianie ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych ustaw.” Gminy oraz miasta ustalają w formie uchwał, zasady korzystania ze zwolnień. Gmina, która w danym roku podatkowym nie uzyskała dochodu z powodu korzystania przedsiębiorcy ze zwolnienia z podatku od nieruchomości, otrzymuje z budżetu państwa w następnym roku rekompensatę subwencji ogólnej (której kwotę określa corocznie ustawa budżetowa) na wyrównanie ubytku dochodów, wynikającego ze wspomnianego zwolnienia.